พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงยกเมืองกรุงเก่าขึ้นเป็นหัวเมืองจัตวาเช่นเดียวกับสมัยกรุงธนบุรี หลังจากนั้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้จัดการปฏิรูป การปกครองทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาค โดยการปกครองส่วน ภูมิภาคนั้นโปรดให้จัดการปกครอง แบบเทศาภิบาลขึ้นโดยให้รวม เมืองที่ใกล้เคียงกัน ๓ – ๔ เมือง ขึ้นเป็นมณฑล มีข้าหลวง เทศาภิบาลเป็นผู้ปกครอง โดยในปี พ.ศ. ๒๔๓๘ ทรงโปรดให้จัดตั้งมณฑลกรุงเก่าขึ้น ประกอบด้วยหัวเมืองต่าง ๆคือกรุงเก่าหรือ อยุธยา อ่างทอง สระบุรี ลพบุรี พรหมบุรี อินทร์บุรี และสิงห์บุรี ต่อมาโปรดให้รวมเมืองอินทร์ และเมืองพรหม เข้ากับเมืองสิงห์บุรี ตั้งที่ว่าการมณฑลที่อยุธยา และในปี พ.ศ. ๒๔๖๙ เปลี่ยนชื่อจากมณฑลกรุงเก่า เป็นมณฑลอยุธยา ซึ่งจากการจัดตั้งมณฑลอยุธยา มีผลให้อยุธยามีความสำคัญทางการบริหาร การปกครองมากขึ้น การสร้างสิ่งสาธารณูปโภคหลายอย่างมีผลต่อการพัฒนา เมือง อยุธยาในเวลาต่อมา จนเมื่อยกเลิกการปกครองระบบเทศาภิบาล ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. ๒๔๗๕ อยุธยาจึง เปลี่ยนฐานะเป็นจังหวัดพระนครศรีอยุธยาจนถึงปัจจุบัน

          ในสมัยจอมพล ป.พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรีได้มีนโยบายบูรณะโบราณสถานภายในเมืองอยุธยา เพื่อเป็นการฉลองยี่สิบห้า พุทธศตวรรษ ประกอบกับในปี พ.ศ.๒๔๙๘ นายกรัฐมนตรีประเทศพม่าเดินทางมาเยือนประเทศไทย และมอบเงินจำนวน ๒๐๐,๐๐๐ บาท เพื่อปฏิสังขรณ์วัดและองค์พระมงคลบพิตร เป็นการเริ่มต้นการบูรณะโบราณสถานในอยุธยา อย่างจริงจัง ซึ่งต่อมากรมศิลปากรเป็นหน่วยงานสำคัญในการดำเนินการ จนองค์การศึกษาวิทยาศาสตร์ และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ หรือยูเนสโก มีมติให้ประกาศขึ้นทะเบียนนคร ประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยาเป็น " มรดกโลก " เมื่อวันที่ ๑๓ ธันวาคม ๒๕๓๔ มีพื้นที่ครอบคลุมในบริเวณโบราณสถานเมืองอยุธยา